分子動力学計算
既存の分子動力学計算プログラムに対してポーティングを行い、GPUを用いた並列高速化を実現します。
※1 original : Intel® Core™ i7 4Core
技術要素
【マシン環境】
- PC-Linux デスクトップ機
【GPGPU】
- NVIDIA 社 Tesla C2050
【OS】
- 64bit CentOS 5.4
【開発ツールおよび言語】
- PGIコンパイラ、CUDA Fortran
詳細
(１) 分子(A)と分子(B)の登録リストを２つ作成
分子(A)の周りに存在する分子(B)をあらかじめ登録し、リストを作成します。
同様に、分子(B)に対するリストも作成します。
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(２) 分子(A)と分子(B)を別々のループで計算処理するようにコード変更
分子(A)と分子(B)に対する力の計算を同一ループで行っているため、ループ依存が発生します。
それを回避するために、別々のループで計算処理するようにコード変更を行います。
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